抗原多肽選擇的基本原則有（1）盡可能是在蛋白表面；（2）保證該段序列不形成α-helix；
（3）N,C端的肽段比中間的肽段更好；（4）避免蛋白內部重復或接近重復段的序列；（5）避免同源性太強的肽段；（6）交聯可以交聯在N、C兩端，選擇依據就是交聯在對產生抗體不太重要的一端；（7）序列中不能有太多的Pro,但有一兩個Pro有好處，可以使肽鏈結構相對穩定一些，對產生特異性抗體有益。
為了使生產抗體獲得最佳效果，仔細地設計抗原多肽是很有必要的，設計應滿足一個基本條件：在免疫過程中，該抗原既不會產生過強的免疫反應，同時又能產生出對感興趣的蛋白有結合能力的抗體。
為了避免識別區域隱藏在蛋白內部的風險，我們通常建議選擇蛋白的N，C兩端來產生的相應的抗體。因為在完整的蛋白中，N，C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不適合作為抗原。
優質抗體是一種具有適當靈敏度和特異性的抗體，能夠回答您的檢測提出的問題。此外，一種抗體不一定適用于所有應用，因為每種應用都有不同的性能規格。
將載體蛋白加在遠離抗體識別區域的一端，在序列中沒有Cys的情況下在N或C端加上Cys為交聯的首選方法。
多克隆抗體和單克隆抗體都有各自的優勢。一般來說，單克隆抗體特異性強，但親和力相對小，檢測抗原靈敏度相對就低；而多克隆抗體特異性稍弱，但抗體的親和力強，靈敏度高。與單克隆抗體相比，大量多克隆抗體的生產相對快速且成本低廉，它們是非特異性的，因為它們能夠識別任何一種抗原上的多個表位。
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