二抗在免疫學實驗中起著舉足輕重的作用，二抗的選擇也決定了整個實驗的成敗。

實驗中在選擇二抗時必須注意以下幾點：

（1） 一抗種屬來源，主要根據一抗種屬來源來決定確定二抗的類型，如一抗是小鼠來源，那二抗就買抗小鼠的即可（如羊抗小鼠、兔抗小鼠等均可）。

（2）標記物的選擇。一般來講，偶聯到二抗上的探針主要有酶（辣根過氧化酶HRP和堿性磷酸酶AP或其衍生物APAAP，PAP），熒光基團（FITC, RRX, TR, PE）和生物素。選用哪種探針的二抗主要取決于具體的實驗。對于western blot和ELISA，最常用的二抗是酶標二抗，而細胞或組織標記實驗（細胞免疫化學，組織免疫化學，流式細胞術）中通常使用熒光基團標記的二抗，免疫組化中也可以使用辣根過氧化酶或堿性磷酸酶標記的二抗。如果想要更大程度的放大檢測信號，可以使用biotin/avidin檢測系統。